Die genauen Wirkfaktoren, die zum Ausbruch einer Hashimoto-Thyreoiditis führen können, sind noch nicht hinreichend geklärt. Zur Debatte stehen neben einer familiären (genetischen) Vorbelastung (z.B. X-Chromosome Inactivation) auch Stress, schwer verlaufende Viruserkrankungen (wie Pfeiffersches Drüsenfieber, Gürtelrose), Dysfunktionen der Nebennierenrinde, Mikrochimerismus und Umweltauswirkungen nicht abschließend. Heftig debattiert wird z.Z. über die Bedeutung einer übermäßigen Iodzufuhr für den Ausbruch der Krankheit. Während als relativ sicher gelten kann, dass sie, genau wie Morbus Basedow, durch hohe Ioddosen (Iodexzess) ausgelöst werden kann (z.B. durch iodhaltige Kontrastmittel), werden die möglichen Gefahren, die von einer Iodierung der Nahrungsmittel (als Folge der Futtermitteliodierung bei Nutztieren und der Kochsalziodierung) ausgehen, kontrovers diskutiert (vgl. Iodmangel, Iodunverträglichkeit).
Besonders die zahlreichen Symptome dieser Erkrankung können naturheilkundlich behandelt werden.
