1849 erkrankte Kneipp an Tuberkulose und wurde von seinem behandelnden Arzt praktisch aufgegeben. Er entdeckte zufällig das Buch "Unterricht von der Heilkraft des frischen Wassers" von Johann Siegmund Hahn, welches ihm ermöglichte sich mittels einer Wasserkur selbst zu heilen. Teile dieser Kur beinhalteten Tauchbäder in der eiskalten Donau.
1850 erhielt er einen Freiplatz am Georgianum in München und setzte dort sein Studium fort. Tägliche Wasseranwendungen waren inzwischen zum festen Bestandteil seines Lebens geworden. Am Georgianum behandelte er zum ersten Mal heimlich Kommilitonen, die, wie er, an Tuberkulose erkrankten. Er las Bücher über Wasseranwendungen, besuchte den "Verein der Wasserfreunde" und hörte dort von Vincenz Prießnitz aus Gräfenberg, welcher bereits seit 30 Jahren in Österreichisch Schlesien mit Wasser kurierte.
1852 bestand er die ärztliche Untersuchung zur Priesterweihe. Sein Mitstudent Langmeyer fiel aber durch. Kneipp behandelte ihn heimlich mit einer Wasserkur, so dass er letztendlich doch zugelassen wurde. Daneben behandelte er auch andere Kommilitonen erfolgreich. Am 6. August 1852 weihte man ihn zum Priester. Er bekam eine Stellung als Kaplan in Boos (Schwaben).
