Im Februar 1853 kam es zur ersten Anzeige wegen "Kurpfuscherei", da er eine cholerakranke Magd mit heißen Wickeln behandelt hatte. Zwar erhielt er eine Polizeistrafe von zwei Gulden wegen "Vergehens gegen das Kurierverbot", ironischerweise stellte er aber auch dem urteilenden Richter eine Kuranweisung gegen Gicht aus.
1854 klagte ein Apotheker aus Babenhausen Kneipp wegen "Gewerbebeeinträchtigung und Schädigung" an. Kneipp legte dem Gericht dar, er habe stets nur Menschen behandelt, die nach jahrelanger Behandlung bei Ärzten und Apothekern keine Hilfe gefunden hätten oder die einfach kein Geld hätten, sich einen Arzt zu leisten. Er musste daraufhin eine Erklärung unterschreiben, "fürder auch solchen Unglücklichen nicht mehr zu helfen, die angeblich keine ärztliche Hilfe mehr fanden". Im selben Jahr brach eine Choleraepidemie in München aus und verbreitete sich in ganz Oberbayern und Schwaben. Kneipps Vater war eines der ersten Todesopfer der Cholera in Stephansried. Als die Krankheit auch in Boos ausbrach, handelte Kneipp gegen die Unterlassungserklärung und heilte zweiundvierzig erkrankte Personen. Der Generalvikar beim Bischöflichen Ordinariat wurde aufmerksam und zog Erkundigungen über ihn ein. In der Bevölkerung nannte man Kneipp den "Cholera-Kaplan". So wurde er Ende 1854 nach Augsburg versetzt.
